按物料的冷冻地点分为冻干合一型和冻干分离型。冻干合一型是指物料的冷冻和干燥均在冻干箱内进行，冻干箱内的搁板里既能制冷又能加热，被冻干物料放在搁板上，主要依靠传导进行预冻和加热，辐射传热是次要的。医药用冻干机多为冻干合一型，目的是保持物料清洁卫生，防止污染。冻干分离型是指预冻在冷库、速冻机或液态容器里进行，干燥时再将预冻好的物料移到干燥箱(仓)内，目的是节约能源，节省干燥时间，提高生产效率，降低产品成本，这种冻干机以辐射加热为主，多适用于食品冻干机。
按冷冻方式可分为静态冷冻(static freezing)、动态冷冻(dynamic freezing)、离心冷冻(centrifugal freezing)、滚动冷冻(shellfreezing)、旋转冷冻(spin freezing)、喷雾冷冻(spr。ay freezing)、气流冷冻(airblast freezing)等。具体选用何种冷冻方式，应该根据物料性质和冷冻干燥工艺要求而定。
按捕水器(水气凝结器)安放的位置，分为内置式和外置式两种。内置式的捕水器安放在冻干箱内，可放在冻干箱搁板的两侧、下部或后部。内置式冷冻干燥机节省占地面积，被抽气体到捕水器去的阻力小，省去了干燥箱与捕水器之间的连接管道和阀门，经济性好。但内置式捕水器与搁板之间距离较近，影响搁板加热的均匀性，容易出现热桥，影响捕水器捕水特性，还有些内置式捕水器化霜时需要停止工作，影响了生产周期和生产效率。外置式捕水器安放在冻干箱外，需要一个独立外壳，用管道和阀门将冻干箱和捕水器连接起来，其优缺点与内置式刚好相反。
按所采用的真空系统，分水蒸气喷射泵型和捕水器加机械泵型两种。水蒸气喷射泵真空系统不用捕水器，能直接大量抽出水蒸气，抽气量大、效率高，抽气量可以控制，但需要 水蒸气作为动力，锅炉产生水蒸气的压力容易波动，影响泵的性能，烧锅炉容易造成环境污染，因此只有少量食品采用这种系统。捕水器加机械泵系统中需要为捕水器配置一套制冷系统。一般单级压缩机的制冷系统，蒸发器表面最低温度为-35℃；双级压缩机的制冷系统可达到-50℃；复叠式压缩机制冷系统能达到-80℃。根据真空度的需要，在捕水器前面可配置罗茨泵加水环泵机组、罗茨滑阀泵机组、罗茨旋片泵机组，或者只配置能直排大气的各种机械真空泵。
按冻干箱内搁板上的加热方式分为直接加热和间接加热两种。直接加热是用电或各种载热媒体直接加热搁板，加热速度快，节约能源，但容易造成搁板温度不均匀、难控制。间接加热需要有换热器，热媒经换热器被加热之后再用泵打入搁板进行循环加热，其优缺点与直接加热式刚好相反。
按加热所采用的工质，分油、水、水蒸气加热以及电加热几种。油的价格高，载热量少，循环量大；水在搁板流道内容易结垢，降低通道截面积，影响换热效果；水蒸气的温度和压力不好控制；电加热搁板温度均匀性不好。因此，近年来各厂都配制各种适合于制冷和加热两用的冷热媒工质，如乙二醇、Rll等。 ⑨按生产方式分连续式和间歇(周期)式两种。连续式冻干机造价高，生产量大，适合于单一品种物料大规模生产；间歇式冻干机的优缺点与连续式刚好相反。